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適格請求書発行事業者の登録年月日に関する確認と留意事項について

2025年11月05日

経営財務部

こんにちは。税理士法人 久保田会計事務所 経営財務部です。

今回は、消費税の免税事業者が課税事業者となった場合に届くことがある

「適格請求書発行事業者の登録年月日の確認」という書面について御案内いたします。



1.課税事業者への移行に伴う『適格請求書発行事業者登録申請』

消費税の免税事業者が課税事業者へ移行する際、

適格請求書発行事業者(インボイス発行事業者)の登録手続きが必要となります。

課税事業者となる期間の開始日から適格請求書の発行を可能とするためには、

原則として、当該期間の開始日の15日前までに

「適格請求書発行事業者の登録申請書」を所轄税務署へ提出する必要があります


2. 「適格請求書発行事業者の登録年月日の確認」書面に関する留意点

上記登録申請書の提出後、申請者に対し、管轄の国税局インボイス登録センターより

「適格請求書発行事業者の登録年月日の確認」という書面が送付される事例が確認されています。


この書面は、1年間の売上高の総合計は1,000万円を超えているものの、

非課税売上が多いために免税事業者に該当していた事業者が、

課税売上が増えたことでその年の2年後から課税事業者に該当することとなったため

事前に登録申請を行った場合に届くようです。

当該書面には、登録申請書の提出日の約15日後にインボイスの登録を行う予定であること、

そして登録された期間から課税事業者となる旨が通知され、

免税事業者である場合には○○月○○日までに連絡をするよう指示がされています。


3. 不適切な期間からの課税事業者化を防ぐために

この確認書は、登録申請書に翌期からの登録をする旨を記載していたとしても、

あるいは同様に記載した課税事業者届出書を提出していたとしても届くものです。

もし、この確認書を受領した申請者が、

適切にインボイスセンターへ連絡を行わなかった場合、

本来免税事業者である期間から適格請求書発行事業者として登録され、

同時に課税事業者となる可能性があります。



【事例】

例として、以下の状況が挙げられます。

1期 免税 売上 1,500万(内課税売上   700万)

2期 免税 売上 2,500万(内課税売上 1,700万)

3期 免税 登録申請書提出

4期 課税 2年前の課税売上が1,000万円を超えるため課税業者に該当


この状態で3期目中に適格請求書発行事業所の登録申請書を出した場合に確認書が届きます。

放置すると3期目から課税事業者として登録されることになります。


4. 推奨される対応策

上記のリスクを確実に回避するためには、

登録申請書提出後、速やかに管轄のインボイス登録センターに対し、

適切に計算をしており免税事業者に該当する旨を電話にて

伝達することが最も確実な対応となります。


事業者の皆様におかれましては、本確認書を受領した際には、

登録年月日について意図した期間と相違がないかを厳重にご確認いただき、

必要に応じてセンターへの連絡を行うよう、ご留意願います。




税理士法人 久保田会計事務所では、法人税や所得税等の税務申告だけでなく

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