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医療費控除のマイナポータル連携の申告方法について

2026年01月14日

経営財務部

こんにちは。税理士法人 久保田会計事務所 経営財務部です。
今回は医療費控除のマイナポータル連携の申告方法についてご紹介します。


医療費控除とは...
その年の1月1日から12月31日までの間に、ご自身やご自身と生計を一にする配偶者及び
その他の親族のために、医療費を支払った場合で、その支払った医療費が一定額を超えるときは、
その医療費の額を基に計算される金額の所得控除を受けることができます。


医療費控除額の計算は...
(その年中に支払った医療費の総額-保険金等で補てんされる金額)-
(10万又は総所得金額等の5パーセントのうち少ない金額)
=医療費控除額(最高200万円)


提出書類等は...
医療費の領収書から「医療費控除の明細書」を作成し、確定申告書に添付する必要があります。

*医療保険者から交付を受けた医療費通知がある場合は、その医療費通知を添付することで、
医療費控除の明細書の記載を簡略化できます。
*医療費の領収書は提出しませんが、5年間お手元に保管する必要があります。


医療費控除の明細書の作成方法は...
①医療費控除の明細書に記入する方法
こちらのURLからダウンロードすることができます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/yoshiki/04/pdf/ref1.pdf

②医療費の領収書が多い場合は医療費集計フォームで入力・集計し、読み込みをする事ができます。
こちらのURLの関連リンクからダウンロードすることができます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1120.htm

③毎年2月9日以降、申告する年分の保険診療分に係る医療費情報を、マイナポータル連携を利用して
取得・申告書に自動入力できます。

必要なもの:マイナンバーカード・スマホ・マイナンバーカードのパスワード

  手順1:
マイナポータルで利用者登録をする
(スマホにマイナポータルをインストールしてください)

すでに利用者登録済みの方はログインします。

  手順2:
家族分の医療費情報を取得する場合は、マイナポータルで代理人の登録をします。

事前にマイナポータルで代理人設定を行うことにより、申告に含めることが可能なご家族の
医療費通知情報を取得し申告書に自動入力できます。

代理人の登録には、ご自身とそのご家族のマイナンバーガードが必要で、ご家族ご自身も
事前にマイナポータルの利用登録が必要です。

  手順3:
国税庁ホームページの確定申告書等作成コーナーのトップページにアクセスし、作成開始を押します。

所得税を選択して質問に答えながらマイナポータル連携をするを選択します。

利用契約を確認後、同意するとマイナポータルへ移動します。

マイナンバーカードでログインを押すとマイナポータルアプリが起動しパスワード入力画面に移動します。

パスワードを入力後、画面の案内に沿ってスマホでマイナンバーカードを読み取ります。

認証完了後確定申告書等作成コーナーへ戻ります。

マイナポータル連携を行う画面に移動し取得する情報の選択をします。
代理人の設定を行った方は家族分も取得するを選びます。

マイナポータル画面へ移動するので利用規約に同意して連携を押すとマイナポータルから取得した
情報の一覧が表示されます。

上記留意事項を確認にチェックするとマイナポータルから取得した情報の内容が表示されます。

次にxmlデータの読込画面が表示されますのでマイナポータル連携以外で取得しているデータがある場合は
読み込むことができます。

収入・所得を入力後、医療費の入力画面にいくと取得した医療費が自動で入力されています。

医療費通知情報に含まれない自由診療分の医療費など追加で入力を行う場合や保険などで
補てんされる金額がある場合は医療費控除を押します。

医療費控除の一覧が表示されていますので、内容の補正等がある場合は訂正を押して
訂正するデータの訂正ボタンを押します。

訂正データの詳細が表示されたらB欄の金額を修正します。
保険などで補てんされる金額はC欄に金額を入力します。

入力後、内容を確認します。

自由診療分やドラッグストアでの購入費用等は医療費控除の一覧画面で
「医療費集計フォームを利用しますか?」については「いいえ」を選択し、
「医療費の領収書等を入力する」を押します。

医療費や交通費の領収書などから氏名・支払先・区分・医療費の額を入力します。

入力終了を押すと完了です。


医療費控除の申告の煩雑さを解消すべく、近年はマイナポータル連携を利用した申告ができるようになりました。

初めての方にもわかりやすいように解説動画も充実しています。
医療費控除の詳しい申告方法については、下記にURL記載しておりますのでご覧ください。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/shinkoku/tokushu/keisubetsu/iryou-koujo.htm





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